Здравствуйте, Юлия Викторовна. Что касается выплаты отпускных (а учебный отпуск для подготовки и защиты выпускной квалификационной работы и сдачи итоговых государственных экзаменов – это разновидность дополнительного отпуска), по смыслу ст. 136 Трудового кодекса РФ отпускные должны быть выплачены в полном объеме не позднее, чем за три дня до начала отпуска.
Таким образом, действия работодателя являются неправомерными. Для разрешения сложившейся ситуации можно обратиться в Государственную инспекция труда, прокуратуру, суд.