Во-первых, Минфин России в Письме от 18.02.2009 N 03-05-05-04/01 указывает: обязанность платить транспортный налог ставится в зависимость от регистрации транспортного средства, а не от фактического его использования налогоплательщиком, поэтому то, что Вы не могли использовать автомобиль, никак не влияет на обязанность уплатить налог.
Во-вторых, из Вашего вопроса неясно, заключен ли договор с дилером, производящим ремонт у Вас, или у Вашей страховой компании, вопрос «выплаты ремонтом» непростой и требует знания всех нюансов Вашего дела, так как в договоры страхования включаются разные варианты, влекущие различные правовые последствия для сторон.
В договор страхования могут быть включены различные варианты выплаты страхового возмещения, это может быть как вариант "Оплата ремонта на СТОА по выбору страхователя": страховое возмещение путем оплаты страховщиком стоимости ремонта на СТОА, которую самостоятельно выбирает страхователь и с которой он напрямую заключает соответствующий договор на проведение ремонтных работ, так и вариант - "Оплата ремонта на СТОА по выбору страховщика": страховое возмещение путем направления страховщиком автомобиля на ремонт с последующей его оплатой на СТОА, с которой страховщик имеет соответствующий договор.
При первом варианте Вам следует руководствоваться сроками, указанными в Вашем с СТОА договоре.
При втором варианте, учитывая, что страховое возмещение Вам до сих пор не выплачено, а обязательство прекращается надлежащим исполнением, Вы можете отказаться от услуг страховщика по организации ремонта Вашего автомобиля и требовать выплаты Вам возмещения в денежной форме, ссылаясь на условия договора страхования.