На Ваш вопрос достаточно сложно ответить однозначно, так как он затрагивает проблему т.н. предметной (относительной, горизонтальной) иерархии нормативных правовых актов, которая используется законодателем для формально-юридического закрепления ведущей роли кодексов в регулировании в рамках "своей" отрасли права.
В п. 2 ст. 3 Гражданского кодекса РФ установлено правило, что приоритет при коллизии между нормами ГК РФ и иных ФЗ имеют нормы ГК РФ. Следовательно, с формально-юридической точки зрения ГК имеет приоритет над иными ФЗ, но только при регулировании гражданско-правовых отношений.
Однако в доктрине и судебной практике (особенно - в практике арбитражных судов) имеется и позиция о том, что предметная иерархия федеральных законов неконституционна, так как не предусмотрена в ст. 76 Конституции РФ и противоречит идее последовательности выражения воли законодателя. По вопросу конституционности предметной иерархии ФЗ неоднократно высказывался Конституционный суд РФ, который сформулировал по данному вопросу несколько противоречивых правовых позиций (см. об этом подробнее: http://www.pravo.ru/review/view/10209).
На настоящий момент норма п. 2 ст. 3 ГК РФ не признана неконституционной и, на мой взгляд, с точки зрения анализа системных связей в действующем законодательстве, не может быть признана неконституционной.
Поэтому я полагаю, что суд должен отдавать приоритет в случае коллизии с иными некодифицированными ФЗ при регулировании гражданско-правовых отношений именно ГК РФ.