Да, все затраты в связи с ученичеством. Так как командировочные были выплачены именно в связи с ученичеством – они также полежат возмещению пропорционально неотработанному времени, если иное не установлено вашим договором.
Обязанность ученика или работника возместить работодателю расходы (затраты), связанные с обучением, в случае неисполнения обязанности по отработке предусмотрена частью 2 статьи 207 и статьей 249 ТК РФ. Согласно статье 207 Трудового кодекса Российской Федерации в случае, если ученик по окончании ученичества без уважительных причин не выполняет свои обязательства по договору, в том числе не приступает к работе, он по требованию работодателя возвращает ему полученную за время ученичества стипендию, а также возмещает другие понесенные работодателем расходы в связи с ученичеством. В соответствии со статьей 249 Трудового кодекса Российской Федерации в случае увольнения без уважительных причин до истечения срока, обусловленного трудовым договором или соглашением об обучении за счет средств работодателя, работник обязан возместить затраты, понесенные работодателем на его обучение, исчисленные пропорционально фактически не отработанному после окончания обучения времени, если иное не предусмотрено трудовым договором или соглашением об обучении.