В соответствии со ст.392 ТК РФ работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права.
В Вашей ситуации данное обстоятельство имеет значение, так как срок исковой давности по невыплаченной заработной плате исчисляется по разному для начисленной и не начисленной заработной платы.
Если заработная плата Вам начислена в полном объеме, но не выплачена в срок, подать в суд Вы может в течение трех месяцев после увольнения. Если же заработная плата в полном объеме Вам не начислялась и не выплачивалась, обращаться в суд необходимо в течение трех месяцев с момента, когда Вы узнали о нарушении своего права вне зависимости от прекращения трудовых отношений.
В противном случае есть риск отказа в иске по причине пропуска срока исковой давности при наличии соответствующего заявления со стороны ответчика.
Что касается выплаты переменной части заработной платы, то необходимо установить, является ли такая выплата правом или обязанностью работодателя в силу действующего у него локального акта, раз в трудовом договоре выплата премии не упоминается.
Если это всего лишь право работодателя, тогда отказ в выплате премии будет признан законным.