Если в деле действительно имеются все указанные вами нарушения, то могу посоветовать заявить об этом на первом же судебном заседании, причем заявить письменно и проходатайствовать о возвращении дела прокурору для устранения нарушений. При этом не обязательно, что ваше ходатайство удовлетворят, но нарушения закона со стороны следствия или прокурора всегда будет играть в вашу пользу, например, при вынесении обвинительного приговора, судья может назначить мягкое наказание, с расчетом того, что вы не будете его обжаловать, чтобы не показывать данные нарушения в вышестоящей инстанции. При этом, хочу обратить ваше внимание на то, что нарушенный срок подписания должен быть зафиксирован (то есть дата в обвинительном заключении от прокурора должна стоять с нарушением установленных сроков, а не просто вам обвинительное заключение должно быть передано не в срок). Что касается передачи через следователя, то скорее всего в деле будет поручение от прокурора следователю о соответствующем действии, это конечно не совсем законно, но допускается. Главное что вы получили обвинительное заключение, суд на это обращает внимание в первую очередь, хотя повторюсь все эти нарушения необходимо озвучивать, даже если вы полностью признаетесь в преступлении.