Пунктом 4 Правил ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 16.04.2003 N 225 (далее - Правила), предусмотрено, что в трудовые книжки, в том числе вносятся сведения о работнике.
В случае смены фамилии работника соответствующие изменения также должны быть внесены в трудовую книжку (при наличии подтверждающих документов).
Порядок внесения изменений установлен п. 26 Правил и п. 2.3 Инструкции по заполнению трудовых книжек, утвержденной Постановлением Минтруда России от 10.10.2003 N 69. Изменение записей о фамилии, имени, отчестве и дате рождения, а также об образовании, профессии и специальности работника производится работодателем по последнему месту работы на основании паспорта, свидетельств о рождении, о браке, о расторжении брака, об изменении фамилии, имени, отчества и других документов со ссылкой на их номер и дату.
Согласно п. 29 Правил исправленные сведения должны полностью соответствовать документу, на основании которого они были исправлены.
Принимая во внимание, что, как следует из вопроса, на данный момент продолжает существовать неопределенность с однозначным указанием в документах фамилии бывшего работника, тогда как сама фамилия в паспорте не менялась, полагаю, что внесение изменений в трудовую книжку работника, связанных с изменением его фамилии, было бы преждевременным.