К сожалению, Вы неподробно описали Вашу ситуацию. Дело в том, что выемку можно провести или в рамках оперативно-розыскной деятельности (при проведении такого оперативно-розыскного мероприятия как обследование помещений, зданий, сооружений), или если было возбуждено уголовное дело, то в соответствии со ст. 183 УПК РФ при необходимости изъятия определенных предметов и документов, имеющих значение для уголовного дела, и если точно известно, где и у кого они находятся, производится их выемка. Выемка производится в порядке, установленном УПК для производства обыска. До начала выемки следователь предлагает выдать предметы и документы, подлежащие изъятию, а в случае отказа производит выемку принудительно.
Каждая из этих процедур предполагает разную процедуру и сопровождается разными документами. Поэтому, из-за недостатка информации я не могу расписать именно Ваш случай.
Но, если Вы считаете, что Ваши права нарушены, то следует учитывать следующее:
В законодательстве, в том числе, в Приказах Генерального прокурора, вопрос о разграничении компетенции между прокуратурой субъекта и прокуратурой города чётко не прописан. Вместе с тем, анализируя Приказ Генпрокуратуры РФ от 12.03.2008 №39 «Об организации деятельности прокуратур городов с районным делением» и Приказ Генпрокуратуры РФ от 07.05.2008 №84 «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур», можно сделать вывод, что надзор осуществляется в соответствии принципом территориальности. Например, Приказ №39 определяет, что прокуратура города осуществляет надзор за исполнением законов городскими органами власти, в том числе городскими подразделениями федеральных органов исполнительной власти. Приказ Генпрокуратуры РФ №84 возлагает на прокуроров субъектов Российской Федерации следующие полномочия: надзор за исполнением законов, соблюдением прав и свобод человека и гражданина исполнительными органами субъектов Российской Федерации, надзор за исполнением законов территориальными подразделениями (какого уровня и звена должны быть эти территориальные подразделения не уточняется) федеральных органов исполнительной власти, уполномоченными осуществлять оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие; руководство деятельностью прокуратур городов, районов и иных территориальных прокуратур.
Вместе с тем, согласно п.3 Приказа № 39 прокуроры субъектов обязаны были издать организационно-распорядительные документы, определяющие компетенцию прокуроров города с районным делением и предметы их ведения, с указанием перечня поднадзорных органов и объектов. А в случае необходимости передать некоторые собственные функции или возложить дополнительные обязанности в пределах установленной компетенции, отразить это в указанных документах. Т.е., в Вашем регионе тоже существуют соответствующие распоряжения прокурора субъекта. Но я не знаю какой у Вас регион, да и доступ к этим приказам получит не так легко.
Я рекомендую Вам обратиться с жалобой в прокуратуру субъекта. Если, согласно, внутреннему приказу, надзор за законностью действий областного ОБЭП осуществляет прокуратура города, то они сами направят туда Вашу жалобу, о чём уведомят Вас.
Кроме того, ответ на похожий вопрос смотрите здесь: http://www.pravo.ru/faq/view/2559/