Здравствуйте, Владимир Васильевич. Ситуация с использованием данных автоматизированной системы учета рабочего времени интересная и одновременно парадоксальная. С одной стороны, работодатель, исходя из понятия рабочего времени, закрепленного в статье 91 Трудового кодекса РФ, согласно которому «рабочее время – время, в течение которого работник в соответствии с правилами внутреннего трудового распорядка и условиями трудового договора должен исполнять трудовые обязанности» учитывает лишь то время, в течение которого Вы находитесь на своем рабочем месте, и выполняете свои трудовые обязанности. С другой стороны, свою обязанность по учету рабочего времени он выполняет, применяя автоматизированную систему, которая не учитывает особенности каждой конкретной ситуации. И согласно показаниям этой системы формально Вы ничего не нарушаете (и любые самовольные «вычеты» недопустимы). Аналогичная ситуация и с учетом сверхурочной работы.
Представляется, что если в Правилах внутреннего трудового распорядка или Вашем трудовом договоре не будут учтены особенности учета рабочего времени, о которых упоминается в вопросе, с использованием автоматизированной системы, проблема так и останется открытой.
Если же работодатель решит привлечь Вас к дисциплинарной ответственности (например, за опоздание на работу), то ему необходимо соблюдать определенный порядок, предусмотренный Трудовым кодексом РФ (составить соответствующий акт, затребовать письменное объяснение). Таким образом, одних только данных автоматизированной системы будет недостаточно. От соблюдения же установленной процедуры зависит законность применения дисциплинарного взыскания.