Здравствуйте! Спасибо за точно сформулированный вопрос.
В соответствии с ч.1 ст. 392 ТК РФ, работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал о нарушении своего права. При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных настоящей статьей, они могут быть восстановлены судом.
Пункт. 6. Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17 марта 2004 г. N 2 устанавливает, что в качестве уважительных причин пропуска срока обращения в суд могут расцениваться следующие обстоятельства: болезнь истца, нахождение его в командировке, невозможность обращения в суд вследствие непреодолимой силы, необходимость осуществления ухода за тяжелобольными членами семьи.
Учитывая вышесказанное, советую Вам обратиться в суд. Если вы уволились, а трех месячный срок не истек, то суд рассмотрит ваше заявление о взыскании с Работодателя неуплаченных денежных средств за сверхурочные часы, попадающие в установленный законом срок. Если же Вы продолжаете работать, то судом может быть принято решение о взыскании задолженности за все неуплаченные часы. Если вы сможете доказать суду уважительную причину пропуска обращения в суд.