В Вашем случае при определении гражданства дочери требуется обратиться к действующему на момент рождения дочери. Тот закон РФ о гражданстве устанавливал, что при различном гражданстве родителей, один из которых на момент рождения ребенка состоит в гражданстве Российской Федерации, а другой имеет иное гражданство, вопрос о гражданстве ребенка независимо от места его рождения определяется письменным соглашением родителей. При отсутствии такого соглашения ребенок приобретает гражданство Российской Федерации, если он родился на территории Российской Федерации либо если иначе он стал бы лицом без гражданства.
Поскольку ребенок родился на территории РФ, имеет свидетельство о рождении, выданное на территории РФ, то можно утверждать, что Ваша дочь, вопреки заявлению сотрудников УФМС является гражданкой РФ. Направьте в УФМС заявление о том, что у Вас с супругой отсутствует соглашение о гражданстве дочери, приложите копии свидетельства о рождении дочери, справки о совместном проживании с ребенком. Потребуйте от сотрудников письменного ответа.
Не лишним будет прямо сейчас обратиться за помощью к Уполномоченному по правам человека и по правам ребенка федеральному или в Вашем регионе. В том числе Уполномоченный по правам человека (ребенка) поможет Вам в общении с УФМС, а также если все же будет отказано в выдаче паспорта, составить обращение в суд.