По правилам ст. 211 Налогового кодекса РФ доходом в натуральной форме признаются товары или результаты работ, полученные физическими лицами безвозмездно или с частичной оплатой. Однако в вопросе указывается, что работники купили квартиры у строительной организации, возможно, речь идет об оплате их труда, произведенной в натуральной форме. Действительно, в таких случаях налог взимается с рыночной стоимости приобретенных квартир. Причем в налоговую базу включается стоимость объекта вместе с НДС и акцизами, исключая лишь сумму частичной оплаты, произведенной работником. В сущности, налогооблагаемым доходом здесь будет только разница между рыночной стоимостью квартиры и реально выплаченной суммой.
Если эта разница значительная, то работникам можно порекомендовать воспользоваться налоговыми вычетами – например, согласно пп. 2 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса РФ каждый налогоплательщик имеет право один раз в жизни получить вычет в размере фактически произведенных им расходов на приобретение жилья, вплоть до 2 000 000 рублей. Заявление о подтверждении права на такой вычет с приложением необходимых подтверждающих документов подается в налоговую инспекцию самим налогоплательщиком сразу же по приобретении квартиры, после чего можно обращаться с заявлением о получении вычета к работодателю – строительной организации.