В Вашей ситуации все зависит от того, предъявляли ли Вы в исковом заявлении требование к работодателю о взыскании с него оплаты за время вынужденного прогула. Если да, то, значит, суд отказал Вам в этом требовании, сославшись на то, как Вы указываете, что работодатель сам рассчитал сумму вынужденного прогула и якобы выплатил ее Вам. Такая мотивировка суда не очень понятна: с чего бы суд это установил? Вероятно, работодатель представил в судебное заседания доказательства того, что оплата вынужденного прогула была им произведена в добровольном порядке? И, вероятно, Вы не оспаривали его позицию? То есть согласились с тем, что оплата вынужденного прогула Вам произведена? Вот этот момент не до конца ясен. Но, в любом случае, если Вы не согласны с таким решением суда, то у Вас был единственный способ защитить свои права - это обжаловать данное судебное решение. Оно могло быть обжаловано в вышестоящую судебную инстанцию в течение 10 дней с момента принятия решения (ст. 338 ГПК РФ). Надо полагать, что этот срок пропущен. Он, в принципе, может быть восстановлен судом, если были уважительные причины его пропуска (ст. 112 ГПК РФ). Для этого необходимо вместе с кассационной жалобой подать заявление о восстановлении срока обжалования с указанием и подтверждением уважительных причин его пропуска.
Если же Вы не предъявляли к работодателю требование об оплате вынужденного прогула, то Вы можете обратиться к нему с этим исковым требованием. Срок для обращения в суд в данном случае составляет три месяца (общий срок для рассмотрения трудовых споров в соответствии со ст. 392 ТК РФ) с момента окончания вынужденного прогула. Он будет считаться оконченным со дня вступления в законную силу решения суда о признании увольнения незаконным. Решение суда вступает в силу по истечении 10 дней, установленных на обжалование (ст. 209 ГПК РФ).