В соответствии с положениями ст.ст. 169, 171 НК РФ наличие у покупателя (заказчика) товаров (работ, услуг) счета-фактуры является одним из оснований для возникновения у него права на вычет сумм НДС, предъявленных поставщиком (исполнителем).
При этом п. 3 ст. 169 НК РФ на налогоплательщиков возлагаются обязанности, в том числе, по ведению журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж. Форма счета-фактуры и порядок его заполнения, формы и порядок ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж утверждены Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. Согласно п. 3 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость, счета-фактуры (в том числе исправленные, корректировочные), полученные на бумажном носителе или в электронном виде, подлежат единой регистрации в хронологическом порядке в части 2 журнала учета по дате их получения.
Поэтому, если у Вас нет доказательств того, что Ваш контрагент – заказчик получил выставленные Вами счета-фактуры, заявите ходатайство об истребовании у него журнала полученных счетов-фактур, а если он по каким-либо причинам не ведется, то книги покупок и раздела декларации по НДС, где отражены заявленные заказчиком вычеты. Вполне возможно, что не заплатив Вам за работы, вычет НДС Ваш контрагент в своей декларации по НДС на основании полученного от Вас счета-фактуры все-таки отразил, потому что это ему выгодно. Оплата не является в настоящий момент условием для вычета НДС, кроме нескольких исключений, к которым Ваша ситуация скорее всего не относится.
Что касается последствий непредставления доказательств выставления счетов-фактур, то в рамках гражданско-правового спора они, вероятнее всего, могут свестись к тому, что суд расценит данное обстоятельство как отсутствие доказательств предъявления заказчику суммы НДС к оплате сверх стоимости выполненных работ (ведь Вы же пытаетесь взыскать стоимость работ + НДС). Кроме того, возможно в договоре у Вас зафиксировано, что оплата осуществляется заказчиком на основании выставленного счета-фактуры. Раз не было факта выставления счета-фактуры (или его невозможно подтвердить), то заказчик формально не имел оснований для оплаты, тогда есть риск не выиграть дело. Но в этом случае можно отправить счет-фактуру в адрес заказчика по почте ценным письмом с уведомлением о вручении и пойти в суд снова. Более точно здесь можно подсказать только видя документы.
В отношении того, как можно «преподнести» суду отсутствие у Вас доказательств выставления счетов-фактур, в отсутствие полной информации о ситуации можно лишь предложить сделать акцент на том, что для Вас как реализующей стороны оформление счетов-фактур и фиксация момента их выставления не имеют значения для того, чтобы исчислять НДС с реализации. Если работы выполнены, результат заказчиком принят, то Вы обязаны начислить НДС и отразить его в декларации. А вот для заказчика своевременное получение счета-фактуры имеет непосредственное материальное значение – без него нет права на вычет НДС. Для того, чтобы «привязать» вычет НДС к конкретному налоговому периоду, заказчик должен при необходимости подтвердить своей налоговой дату его получения.