В данном случае попытаться оспорить заключение этих соглашений/компенсировать причинение обществу убытков возможно.
Во-первых, следует проанализировать вопрос о превышении генеральным директором своей компетенции. В том случае, если вопрос назначения заработной платы отнесен к совместной компетенции генерального директора/коллегиального исполнительного органа или генерального директора/совета директоров, можно попытаться оспорить дополнительные соглашения на том основании, что директор превысил свои полномочия. Похожая ситуация уже была предметом рассмотрения дела в Московском городском суде (см. определение Московского городского суда от 20 июля 2011 г. по делу № 33-20134).
Во-вторых, следует учитывать, что закон обязывает генерального директора действовать в интересах общества добросовестно и разумно (пункт 1 статьи 44 Федерального закона «Об обществах с ограниченной ответственностью»). В том случае, когда генеральный директор умышленно причинил обществу убытки, общество или участник общества вправе обратиться к нему с иском о возмещении причиненных убытков (пункт 5 статьи 44 Федерального закона «Об обществах с ограниченной ответственностью»). Я полагаю, что Вы вправе обратиться к бывшему директору с таким иском.