Ситуация довольно необычная и странная. Непонятно, почему суд вынес такое половинчатое решение, создав патовую ситуацию, когда любое действие будет одинаково проблемным. Фактически получается, что ни старый, ни новый генеральный директор полномочиями не обладают, поэтому никто из них быть генеральным директором (и значится в этом качестве в ЕГРЮЛ) не может. При этом, по всей видимости, налоговая инспекция просто не позволит Вам оставить пустующими сведения о генеральном директоре в ЕГРЮЛ (могут отказаться проводить такие регистрационные действия).
Я бы в этой ситуации предложил назначить временно исполняющего обязанности генерального директора и внести сведения о нем в ЕГРЮЛ (такое действие допустимо) либо срочно еще раз провести собрание участников и принять новое решение о назначении генерального директора/передаче полномочий управляющей компании. Если генеральным директором будет назначено то же лицо еще раз, вносить в ЕГРЮЛ изменения, на мой взгляд, не потребуется.
Также важно помнить, что закон не связывает наделение/прекращение полномочий генерального директора с внесением записи в ЕГРЮЛ.