Начну с правомерности действий работодателя в части полного взыскания суммы ущерба с Вашего брата. По общему правилу ответственность работника ограничена размерами его среднего месячного заработка (ст. 241 ТК РФ). Однако в некоторых случаях, прямо предусмотренных законодательством, работник несет полную материальную ответственность перед работодателем, т.е. обязан возместить причиненный работодателю прямой действительный ущерб в полном размере (ст. 242 ТК РФ).
Из вопроса следует, что Ваш брат в рабочее время совершил ДТП, в результате которого пострадал автомобиль работодателя. Причинение ущерба в результате административного проступка (ДТП) и наличие соглашения сторон о возмещении ущерба является основанием для полной материальной ответственности работника (ст.ст. 243 и 248 ТК РФ).
По поводу угроз, исходящих со стороны работодателя. Если у Вас есть реальные основания опасаться за себя, за жизнь и здоровье членов Вашей семьи, а также за целостность имущества, то есть смысл обратиться с заявлением в милицию с целью возбуждения уголовного дела. Например, по ст. 119 «Угроза убийством или причинением тяжкого вреда здоровью» или ст. 163 «Вымогательство» УК РФ (в зависимости от характера угроз, поступающих в Ваш адрес). В соответствии со ст.ст. 2 и 10 Закона РФ от 18.04.1991 № 1026-1 «О милиции» задачами и обязанностью милиции является предотвращение и пресечение преступлений и административных правонарушений. Желательно запастись показаниями свидетелей, которые могли бы подтвердить, что такие угрозы имели место.
Также Вы опасаетесь потерять квартиру из-за долга брата. Если соглашение о возмещении ущерба не будет исполнено Вашим братом надлежащим образом, работодатель имеет право обратиться в суд (ч. 4 ст. 248 ТК РФ). В случае удовлетворения требований работодателя обращение взыскания на недвижимое имущество должника возможно в рамках исполнительного производства только при условии отсутствия или недостаточности у него денежных средств (п. 4 ст. 69 ФЗ от 02.10.2007 N 229-ФЗ "Об исполнительном производстве"). Как следует из вопроса, квартира приватизирована, но не понятно участвовал ли Ваш брат в приватизации. Если квартира находится в Вашей собственности, а брат просто зарегистрирован там, то обращение взыскания на нее по долгам брата невозможно. По закону ответственность братьев и сестер по долгам друг друга происходит в случае смерти одного из них, если брат (сестра) призваны как наследники второй очереди (ст. 1143 ГК РФ) и произвели действия по принятию наследства (ст. 1153 ГК РФ), поскольку долги наследодателя входят в состав наследства (ст. 1175 ГК РФ). Если же Ваш брат является единственным собственником квартиры или у него есть доля в праве собственности на данную квартиру, то обращение взыскания также будет невозможно, но при условии, что данное жилое помещение является для него и членов его семьи единственным пригодным для постоянного проживания (ст. 446 ГПК РФ).