В Вашем случае дать полноценный ответ и предложить алгоритм действий возможно только после тщательного изучения всех имеющихся документов и обстоятельств.
Отметим, однако, что в силу Федерального закона от 25.10.2001 № 137-ФЗ «О введении в действие Земельного кодекса Российской Федерации» граждане Российской Федерации, имеющие в фактическом пользовании земельные участки с расположенными на них жилыми домами, приобретенные ими в результате сделок, которые были совершены до вступления в силу Закона СССР от 6 марта 1990 г. № 1305-1 «О собственности в СССР», но которые не были надлежаще оформлены и зарегистрированы, имеют право бесплатно приобрести право собственности на указанные земельные участки в соответствии с правилами, установленными статьей 36 Земельного кодекса РФ. В силу же статьи 36 Земельного кодекса РФ если иное не установлено федеральными законами, исключительное право на приватизацию земельных участков или приобретение права аренды земельных участков имеют граждане и юридические лица - собственники зданий, строений, сооружений.
Из вопроса неясно имеются ли у Вас какие-либо права на жилой дом, на каком основании и когда они были приобретены.
Есть вероятность, что такая ситуация могла образоваться в результате ошибки кадастрового инженера, проводившего межевание земельного участка. В любом случае необходимо знать позицию по этому вопросу юридического лица – собственника земельного участка, в границах которого оказался жилой дом.