В силу части 2 статьи 188 АПК РФ возражения на протокольные определения могут быть заявлены при обжаловании судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу.
При этом согласно части 3 статьи 270 АПК РФ нарушение или неправильное применение норм процессуального права является основанием для отмены решения суда первой инстанции только в том случае, если это нарушение привело или могло привести к принятию неправильного решения.
Анализ судебной практики показывает, что одного только процессуального нарушения (вынесения протокольного определения вместо отдельного) недостаточно для отмены решения суда первой инстанции.
Соответственно, в такой ситуации имеет смысл обращаться в суд апелляционной инстанции для обжалования решения суда в совокупности с иными основаниями, установленными ст. 270 АПК РФ.