Статья 289 БК РФ, регулирующая последствия нецелевого использования бюджетных средств, предусматривает такую меру принуждения, как изъятие бюджетных средств, используемых не по целевому назначению. Такое изъятие бюджетных средств не является мерой административной ответственности, ни по мнению законодателя (см. например, ст.ст. 281-306 БК РФ), ни по мнению правоприменителя (см., например, Постановление ВАС РФ № 23 от 22.06.2006). Вопрос об отнесении такого рода принудительных мер к новому отраслевому виду юридической ответственности (бюджетной, финансовой) в современной литературе является дискуссионным. В любом случае, важно то, что порядок взыскания указанных бюджетных средств регулируется исключительно бюджетным законодательством.
Взыскание осуществляется в бесспорном порядке государственным органом в области применения мер принуждения за нарушение бюджетного законодательства Российской Федерации или в случае, предусмотренном статьей 284.1 БК РФ, органами, исполняющими бюджеты субъектов Российской Федерации (местные бюджеты). В соответствии с п. 2 ст. 284 БК РФ лицом, уполномоченным принимать решения о списании в бесспорном порядке сумм, предоставленных из федерального бюджета субсидий, субвенций, бюджетных инвестиций, использованных не по целевому назначению их получателями, является как раз руководитель управления федеральной службы финансово-бюджетного надзора (наряду с другими лицами, в случаях, предусмотренных п.1, п.3, п. 4 ст. 284, ст. 284.1 БК РФ).
Таким образом, в рамках своей компетенции в предусмотренных законом случаях, руководитель управления федеральной службы финансово-бюджетного надзора вправе принимать решения об изъятии бюджетных средств, использованных не по целевому назначению. Что касается обязательности такого решения для органа федерального казначейства, то необходимо исходить из того, что любые принятые в установленном порядке правовые акты (как нормативные, так и индивидуальные) должны применяться всеми адресатами правового регулирования.