В описанной Вами ситуации расторжение брака с иностранным гражданином в РФ осуществляется в судебном порядке на основании российского законодательства. Вы можете подать исковое заявление по месту своей регистрации.
Отказ в принятии искового заявления о расторжении брака был неправомерным.
В соответствии с пп.8 п.3 ст. 402 Гражданского процессуального кодекса РФ Вы вправе обратиться в суд РФ с заявлением о расторжении брака с иностранным гражданином. В частности, нормы данной статьи устанавливают, что суды в Российской Федерации вправе рассматривать дела о расторжении брака с участием иностранных лиц, если истец имеет место жительства в Российской Федерации или хотя бы один из супругов является российским гражданином.
Поскольку в деле присутствует иностранный элемент (в Вашем случае это супруг), необходимо определить применимое право. На основании п. 1 ст. 160 Семейного кодекса РФ будет применяться российское законодательство, поскольку данная статья гласит, что расторжение брака между гражданами Российской Федерации и иностранными гражданами на территории Российской Федерации производится в соответствии с законодательством Российской Федерации.