Наличие регистрации в квартире значения не имеет, если вы не являлись собственником всей или части квартиры.
В случае продажи квартиры, которая находилась в собственности менее 3 лет, вычет с учетом ст. 220 НК РФ, на самом деле, составляет 1 млн. р. С суммы, превышающей 1 млн. р., надо будет заплатить налог. Однако следует учесть, что вместо вычета в размере 1 млн. р. можно воспользоваться указанным в той же статье вычетом, равным размеру расходов, связанных с приобретением квартиры, например, доли у брата.