В соответствии с ч. 2 ст. 84 УК РФ «актом об амнистии лица, совершившие преступления, могут быть освобождены от уголовной ответственности. Лица осужденные за совершение преступления, могут быть освобождены от наказания».
На основании п. 3 ч. 1 ст. 27 УПК РФ – уголовное преследование в отношении подозреваемого или обвиняемого прекращается в следствие акта амнистии.
В Вашем случае, коль лицо подпадает под категорию лиц, указанных в п. 1 Постановления Государственной Думы «Об объявлении амнистии в связи с 20-летием принятия Конституции РФ», то суд обязан прекратить находящееся у него уголовное дело, вне зависимости, возражает или нет данное лицо от освобождения от уголовного наказания по вышеуказанным основаниям.