Если домом владели более 3 лет, то предусмотрена льгота на всю сумму, полученную от его продажи (п. 17.1 ст. 217 НК РФ). Если срок владения был меньше 3 лет, что вы поступили правильно, подав налоговую декларацию. Вычет с учетом ст. 220 НК РФ на самом деле составляет 1 млн. р. или сумму расходов, связанных с приобретение продаваемого дома.
Причин нулевой суммы в извещении может быть несколько:
- вы владели домом более 3 лет;
- налоговый орган расценил, что и дом, и квартира были в общей собственности с супругом (несмотря на то, что оформлены раздельно) и в связи с наличием вычета, связанного с приобретением квартиры зачел соответствующую сумму налога.
Без текста извещения подробнее ответить сложно.