Да, вы совершенно правы – амнистия не освобождает лицо, причинившее вред, от гражданско-правовой ответственности.
По усмотрению судьи дело в этой части может быть выделено в отдельное производство, либо в удовлетворении гражданского иска может быть отказано, с разъяснением права обращения с отдельным иском в порядке гражданского судопроизводства.