Добрый день, внести изменения в договор купли-продажи, полагаю, вам не удастся, поскольку договор уже исполнен, и в настоящее время сам договор (дополнительные соглашения к нему) не подлежат государственной регистрации (государственной регистрации подлежит только переход права собственности).
Необходимо понимать в связи с чем была изменена площадь здания. Если имела место
реконструкция, для которой не требуется получения соответствующих разрешений уполномоченных органов, то собственник здания может обратиться в Управление Росреестра с заявлением о внесении изменения в записи ЕГРП. После чего, отказ Росреестра обжаловать в судебном порядке: просить суд признать незаконным решение Росреестра об отказе в государственной регистрации внесения изменений в запись ЕГРП об объекте права собственности на недвижимое имущество, а также просить обязать Управление Росреестра внести изменения в записи ЕГРП об объекте недвижимости (для примера Решение Арбитражного суда г. Москвы от 27.05.2009 по делу N А40-28151/09-79-130).
В том случае, если бывшим собственником была произведена реконструкция, для которой требовалось получение соответствующих разрешений уполномоченных органов, то, скорее всего, Вам предстоит узаконить данную реконструкцию, и затем со всеми подтверждающими документами обратиться в Росреестр с заявлением о внесении изменений в записи ЕГРП.
Также полагаю, что Вы в порядке регресса сможете с прошлого собственника здания взыскать расходы, связанные с узакониванием реконструкции, если докажете, что реконструкцию делал прежний владелец здания (возможно в том числе с помощью технического паспорта БТИ 1993 года, где указана площадь 800 км.) Ваш вопрос требует более тщательного изучения не в рамках одной краткой консультации, поэтому мой ответ может носить исключительно рекомендательный характер. Для решения вопроса Вам необходимо обратиться к юристу.