Здравствуйте, В случае выставления Вами счёт-фактуры заказчику с НДС у Вас возникла обязанность уплатить его в бюджет в соответствии с пп. 2 п.5 ст. 179 НК РФ, которым предусмотрена обязанность налогоплательщиков при реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации, которых не подлежат налогообложению, исчислить и уплатить в бюджет НДС в случае выставления ими покупателю счета-фактуры с выделением суммы налога. Определение ВАС РФ от 23.12.2011 N ВАС-16585/11 по делу N А58-884/2011, Постановление Арбитражного суда Московского округа от 10.09.2015 по делу № А40-79255/2014. В таком случае, если Вы уплатили НДС в бюджет никаких действий совершать не нужно, так как заказчик может в дальнейшем предъявить НДС к вычету. В случае если Вы не уплатили НДС в бюджет по спорным счетам-фактурам Вам необходимо это сделать на основании пп. 2 п.5 ст. 179 НК РФ.