Полагаю, что вам следует обжаловать отказ в совершении регистрационных действий в суде. Согласно пункта 3 Правил регистрации транспортных средств в органах ГИБДД не подлежат регистрации в Госавтоинспекции и не принимаются к производству регистрационных действий транспортные средства при обнаружении признаков скрытия, изменения, уничтожения маркировки, нанесенной на транспортные средства организациями-изготовителями, либо подделки представленных документов, регистрационных знаков, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных). Поскольку в Вашем случае есть табличка с VIN. В ПТС в "особых отметках" стоит "в связи с ремонтными работами читать VIN по табличке" – отказ в регистрации может быть признан судом незаконным. Регистрационные действия с транспортными средствами, имеющими признаки изменения нанесенной на них маркировки вследствие естественного износа, коррозии, совершаются при условии возможности идентификации транспортного средства, на основании постановлений об отказе в возбуждении уголовного дела и справок (заключений) об исследовании маркировочных обозначений, подтверждающих данное изменение, выданных органами (организациями), уполномоченными на проведение данных исследований (абз.2 п.35.6). В том случае, если в письменном ответе ГИБДД об отказе в постановке автомобиля на учет будет ссылка на невозможность идентификации транспортного средства, полагаю, что Вам необходимо обращаться в ЭКЦ МВД с целью проведения исследования маркировочных обозначений, после чего обращаться с заявлением о постановке автомобиля на учет, а при отказе в постановке на учет – обжаловать отказ в суде.