В соответствии со ст.282 ТК РФ совместительство - выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время. В трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством. Если данное условие в трудовом договоре не было согласовано, то работа по нему считается основной, тем более что в качестве режима рабочего времени установлен ненормированный рабочий день. Нарушения в ведении кадрового учета, в т.ч. связанные с фиксацией рабочего времени, оформлением выплат премиального характера относятся к рискам работодателя и не могут являться основанием для предъявления требований к работнику о взыскании излишне выплаченных денежных средств. В соответствии со ст.137 ТК РФ Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами. Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев, установленных данной статьей. Ваш случай к ним не относится.