Здравствуйте!
В описываемой Вами ситуации у суда нет оснований для отказа в индексации взысканных денежных сумм, а тем более, для возвращения заявления.
Помимо этого, на требования об индексации присужденных денежных сумм исковая давность не распространяется.
Согласно ч. 1 ст. 208 ГПК РФ по заявлению взыскателя или должника суд, рассмотревший дело, может произвести индексацию взысканных судом денежных сумм на день исполнения решения суда.
Действующим законодательством не установлен срок, в течение которого взыскатель может обратиться с требованием об индексации присужденной денежной суммы, такое требование по своей правовой природе не является исковым, а представляет собой предусмотренный процессуальным законом компенсационный механизм по возмещению потерь взыскателя от длительного неисполнения судебного решения в условиях обесценивания взысканных сумм (Апелляционное определение Тамбовского областного суда от 26.01.2015 по делу N 33-296, Апелляционное определение Нижегородского областного суда от 25.11.2014 по делу N 33-10061, Апелляционное определение Новосибирского областного суда от 14.10.2014 по делу N 33-9157/2014).
Таким образом, Вы как истец вправе обратиться с заявлением об индексации присужденных денежных сумм с 2008 года.