Добрый день!
1. Действительно, сам по себе факт подачи апелляционной жалобы в Вашем случае не может являться основанием для отказа в выдаче исполнительного листа. Данный вывод прямо следует из п.3 ст.319 АПК РФ.
Тем не менее, ответчик может направить в суд документы, подтверждающие исполнение заявленных исковых требований. Если такие документы поступают в суд после вынесения решения, суд отказывает в выдаче исполнительного листа (п.19 Постановления Пленума ВАС РФ от 08.10.2012 № 62).
Поэтому в Вашей ситуации возможны два варианта:
- если ответчик представил суду доказательства исполнения исковых требований (например, приложив их к апелляционной жалобе), действия судьи являются правомерными;
- во всех остальных случаях действия судьи неправомерны.
2. Вы можете обратиться с жалобой на действия судьи в следующие инстанции:
(а) к председателю арбитражного суда, рассматривавшего Ваш иск (на основании Приказа ВАС РФ от 30.06.2011 № 68);
(б) в квалификационную коллегию судей соответствующего субъекта РФ. При этом коллегия вправе направить жалобу председателю суда для проведения им проверки (п.2 ст.22 Федерального закона от 14.03.2002 N 30-ФЗ «Об органах судейского сообщества в Российской Федерации»).