В соответствии с ч.1 ст.131 ГК РФ право собственности на объект недвижимого имущества, в т.ч. квартиру подлежит государственной регистрации. Вместе с тем, сам по себе договор купли-продажи такого имущества с 01 марта 2013 года государственной регистрации не подлежит (Федеральный закон от 30.12.2012 N 302-ФЗ). Из вопроса не совсем понятно, зарегистрирован ли был переход права к работнику в отношении квартиры на основании договора купли-продажи. Судя по условиям о его выселении при расторжении трудового договора, похоже, что нет, так как подобное условие договора не может считаться ни отменительным, ни отлагательным (ст.157 ГК РФ). Представляется, что на данный момент собственником квартиры продолжает являться работодатель, и не совсем понятно, за что ему работником были уплачены денежные средства. Без определения целевого назначения выплаченных работодателю средств нет возможности дать оценку его требованиям о компенсации ему амортизации жилого помещения.