В соответствии с ч. 1 ст. 15 Федерального закона от 27.05.1998 № 76-ФЗ «О статусе военнослужащих» военнослужащие-граждане признаются федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, нуждающимися в жилых помещениях по основаниям, предусмотренным статьей 51 Жилищного кодекса Российской Федерации, в порядке, утверждаемом Правительством Российской Федерации.
Исходя п. 3 части 1 статьи 51 Жилищного кодекса Российской Федерации гражданами, нуждающимися в жилых помещениях, признаются проживающие в помещении, не отвечающем установленным для жилых помещений требованиям. Относимость объекта незавершенного строительства к жилым помещениям пригодным для проживания (отвечающим установленным для жилых помещений требованиям), как минимум, спорна.
Полагаем, в Вашем случае целесообразно обжаловать в судебном порядке решение жилкомиссии.