В соответствии со статьей 57.3.Градостриотельного кодекса РФ, подготовка ГПЗУ осуществляется органом местного самоуправления. В Вашем случае департамент градостроительства и архитектуры является структурным подразделением органа местного самоуправления (Администрации муниципального района), а МБУ является подведомственным учреждением.
Я поняла, что подлежит обжалованию действие, бездействие, решение, связанное с подготовкой, выдачей ГПЗУ, следовательно в качестве административного ответчика необходимо указать Администрацию муниципального района в лице Департамента градостроительства и архитектуры, а МБУ привлечь в качестве заинтересованного лица.