Как следует из вопроса, с Вашей стороны обязательства по внесению денежных средств были в полном объеме выполнены, акт сверки, если он оформлен должен образом, является достаточным доказательством внесения денежных средств. Следует иметь ввиду, что в соответствии с п. 1 ст. 162 ГК РФ несоблюдение простой письменной формы сделки лишает стороны права в случае спора ссылаться в подтверждение сделки и ее условий на свидетельские показания, но не лишает их права приводить письменные и другие доказательства. Следовательно, и факт передачи денег не может подтверждаться свидетельскими показаниями.
В Вашем случае Вы вправе в судебном порядке требовать передачи квартир.
Касательно уголовной квалификации действий сотрудников кооператива, следует иметь ввиду, что в соответствии с ч. 1 ст. 159 УК РФ мошенничество - это хищение чужого имущества или приобретение права на чужое имущество путем обмана или злоупотребления доверием, т.е. ключевым моментом является умысел обвиняемого. Обращение с заявлением о преступлении в полицию также считаем будет целесообразным в вашем случае.