В соответствии с ч. 1 ст. 49 Конституции РФ каждый обвиняемый в совершении преступления считается невиновным, пока его виновность не будет доказана в предусмотренном федеральным законом порядке и установлена вступившим в законную силу приговором суда.
Таким образом, до вынесения и вступления в законную силу приговора суда работник, находящийся под стражей, считается невиновным, и за ним сохраняется рабочее место.
На такого работника также распространяются гарантии, предусмотренные трудовым законодательством, в т.ч. касающиеся предоставления ежегодного оплачиваемого отпуска. Само по себе нахождение работника в СИЗО не препятствует предоставлению такого отпуска, тем более, что он положен ему по утвержденному работодателем графику.
По письменному заявлению работника в силу действия ст. 62 Трудового кодекса РФ работодатель обязан не позднее 3 рабочих дней со дня подачи этого заявления выдать работнику копии документов, связанных с работой.
Что касается выдачи запрашиваемых документов на руки супруге работника, полагаю, что имеет смысл предложить работнику подтвердить полномочия супруги на представление его интересов выдачей соответствующей доверенности.
В силу положений ст.185.1 ГК РФ такую доверенность может удостоверить руководитель соответствующего СИЗО либо нотариус, вызванный по месту нахождения содержащегося под стражей работника.