Право собственности на транспортное средство возникает на основании сделок, а не в связи с регистрацией (и после) этого средства в органах внутренних дел. Такую же позицию придерживается Верховный суд, в частности, в Определении от 10.10.2017 № 36-КГ17-10, в Определение Верховного Суда РФ от 27.03.2018 № 47-КГ17-25.
Если суд в решении, которым обязал Вас возместить убытки, не учел этого, то обжаловать решение безусловно имеет смысл. Более точно перспективы обжалования можно оценить после изучения всех материалов гражданского дела.