Сам по себе факт того, что сестра ранее проживала в квартире не будет иметь значение, поскольку ранее она уже снялась с регистрационного учета, как следует из Вашего вопроса.
В соответствии с п. 1 ст. 292 ГК РФ члены семьи собственника, проживающие в принадлежащем ему жилом помещении, имеют право пользования этим помещением на условиях, предусмотренных жилищным законодательством. Аналогичная норма закреплена в ст. 31 Жилищного кодекса РФ.
Однако даже родственника снять с регистрационного учета без его согласия (лишить права пользования) в принадлежащей Вам на праве собственности квартиры будет возможно в судебном порядке. Основанием для такого требования может быть, в частности, то обстоятельство, что член семьи на самом деле проживает по другому адресу, недобросовестное участие проживающего лица в оплате счетов ЖКХ.
Следует учитывать, что пожизненное право на пользование жилым помещением сохраняют жильцы, добровольно отказавшиеся от своей доли в жилом помещении в пользу собственника во время приватизации. Однако даже если у Вас такая ситуация, конкретно в Вашем случае, выписать сестру будет все же возможно. В определении № 49-КГ15-7 от 4 августа 2015 г. Верховный суд РФ высказал следующую позицию: «в случае выезда в другое место жительства право пользования жилым помещением бывшего члена семьи собственника, в котором он проживал вместе с собственником жилого помещения, может быть прекращено независимо от того, что в момент приватизации спорного жилого помещения бывший член семьи собственника жилого помещения имел равное право пользования этим помещением с лицом, его приватизировавшим».
Также следует учитывать, что нельзя выселить родственника или даже постороннее лицо, если его право проживания указано в завещании собственника недвижимости.