Два Ваших займа не связаны друг с другом, они могут быть оформлены на разных условиях и разными договорам.
Вы можете написать в МФО письмо, уточнить, смогут ли они зачесть оставшиеся денежные средства в виде переплаты на погашение иного Вашего долга в этой же организации, возникшего из другого договора. Если откажут, то оставшуюся переплату МФО возвратит Вам, как правило, это происходит по Вашему письменному заявлению, и Вы сможете использовать ее для оплаты Вашего другого долга. Ваша просрочка по одному займу не является обязанностью МФО распорядиться Вашими деньгами без Вашего ведома и направить оставшиеся денежные средства от переплаты по одному долгу на погашение просрочки по другому долгу.