Здравствуйте. Действия сотрудников паспортного стола правомерны, поскольку из документов прямо не следует, что супруг является собственником квартиры (отсутствует запись о праве собственности в Росреестре).
Дело в том, что не все квартиры, приобретенные в браке, являются совместной собственностью супругов, что прямо следует из ст. 36 Семейного кодекса РФ.
Аналогично, Росреестр правомерно отказал, поскольку изменения записи собственности производится на основании актов и сделок.
Поскольку квартира была приобретена в браке, то документами, определившими долю бывшего супруга в квартире, могли быть: брачный договор (составленный в период брака), соглашение о разделе имущества супругов (в том числе после расторжения брака), решение суда о разделе имущества супругов.
Поскольку фактически квартира, хоть и находится в собственности бывших супругов, но формально, титульным владельцем является только бывшая жена – рекомендую оформить соглашение о разделе имущества, а в случае отказа супруги от раздела данной квартиры – обращайтесь в суд.