Во-первых, Вам следует быть готовым к уплате штрафа, так как Вы совершили (и продолжаете совершать административное правонарушение, предусмотренное ч. 1 ст. 19.15 Кодекса РФ об административных правонарушениях, а именно: проживание по месту жительства или по месту пребывания гражданина Российской Федерации, обязанного иметь удостоверение личности гражданина (паспорт), без удостоверения личности гражданина (паспорта) или по недействительному удостоверению личности гражданина (паспорту) либо без регистрации по месту пребывания или по месту жительства
За данное правонарушение законом предусмотрено наложение административного штрафа в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей.
Когда Вы будете оформлять паспорт, с Вас потребуют уплатить указанный штраф.
Во-вторых, поскольку по смыслу Вашего вопроса видно, что у Вас нет регистрации ни по месту жительства, ни по месту пребывания, Вам следует обратиться за выдачей паспорта в ближайший территориальный орган Федеральной миграционной службы по месту обращения. Это допускается в соответствии с действующими нормативными правовыми актами.
Более подробную информацию см. в ответе на другой вопрос: http://www.pravo.ru/faq/view/359/
Затем, получив паспорт, Вы сможете зарегистрироваться по месту жительства при наличии соответствующих оснований (как собственник, член семьи собственника и пр.).