Судя по изложенной Вами информации, налоговый орган отказал в регистрации правомерно, поскольку в соответствии с п. 3 ст. 8 ФЗ от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 19.05.2010) "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" государственная регистрация индивидуального предпринимателя осуществляется по месту его жительства.
Согласно пп. "б" п. 1 ст. 23 указанного закона отказ в государственной регистрации допускается в случае представления документов в ненадлежащий регистрирующий орган.