Согласно статьи 123 Семейного кодекса РФ дети, оставшиеся без попечения родителей, подлежат передаче в семью на воспитание (усыновление (удочерение), под опеку или попечительство, в приемную семью либо в случаях, предусмотренных законами субъектов Российской Федерации, в патронатную семью), а при отсутствии такой возможности в организации для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, всех типов.
Так законодательство отдает приоритет в устройстве несовершеннолетнего ребенка, оставшегося без попечения родителей, усыновлению, опеке (попечительству) и приемной семье нежели передаче в организацию для детей-сирот. Но при невозможности обеспечения иного несовершеннолетний будет передан именно в организацию для детей-сирот. Законодательного ограничения на передачу ребенка старше 16 лет в такую организацию нет.
По вопросу розыска отца, что-либо советывать сложно. Конечно, самый предпочтительный вариант обратиться в Посольство Японии, но как Вы сами указываете им для этого недостаточно информации.
Международный розыск по линии Интерпол предусмотрен только в отношении уголовных дел.
Статья 120 Гражданского процессуального кодекса РФ предусматривает, что при неизвестности места пребывания ответчика по требованиям о взыскании алиментов судья обязан вынести определение об объявлении розыска ответчика. Однако учитывыая, что розыск будет происходить на территории Японии необходима соответсвующая договоренность об этом с Японией. На сегодняшний день между Россия и Японией подписан Договор о взаимной правовой помощи по уголовным делам. Поэтому шансы, что такая помощь будет оказана по гражданскому делу, очень не велики.