Как правило, деятельность Агентств не подпадает под действие указанного ФЗ-294, потому что они не наделяются функциями контроля и надзора. Но пунктом 5.3.1 Постановления Правительства РФ от 30.07.2004 N 396 (ред. от 15.06.2010) "Об утверждении Положения о Федеральном агентстве воздушного транспорта" на Агентство возложены функции по проведению обязательной сертификации в авиации. При этом пунктом 6.5 Положения предусмотрено право агентства проверять в установленном порядке деятельность физических и юридических лиц, осуществляющих перевозочную деятельность. Фактически предусмотрен инспекционный контроль выполнения сертификационных требований, в которые входит соблюдение нормативных предписаний и требований законодательства. То есть это тот же контроль за исполнением законодательства в сфере гражданской авиации.
Исходя из этого, можно сделать вывод об осуществлении Федеральным агентством контрольных функций, которые не имеют четкого законодательного разграничения с надзорными. На сегодняшний день существуют два государственных органа в гражданской авиации, имеющих инспекторский состав, права и обязанности которого де-факто определены одним нормативным актом и, соответственно, действия которого во многом будут идентичны и будут пересекаться, так как в Положении о Федеральной службе по надзору в сфере транспорта и других нормативных актах даны очень расплывчатые критерии надзора. Деятельность инспекторского состава обоих органов власти во многом дублирует друг друга.
Учитывая предмет регулирования ФЗ-294, при проведении таких проверок служащие Агентства обязаны соблюдать положения данного ФЗ.