Да, действительно, в соответствии со ст. 18 Гражданского процессуального кодекса РФ Вы можете обратиться с заявлением об отводе секретаря судебного заседания.
Согласно ст. 16 ГПК РФ секретарь судебного заседания подлежит отводу, если он:
1) при предыдущем рассмотрении данного дела участвовал в нем в качестве прокурора, секретаря судебного заседания, представителя, свидетеля, эксперта, специалиста, переводчика;
2) является родственником или свойственником кого-либо из лиц, участвующих в деле, либо их представителей;
3) лично, прямо или косвенно заинтересован в исходе дела либо имеются иные обстоятельства, вызывающие сомнение в его объективности и беспристрастности.
В Вашем случае следует обосновать в заявлении именно предвзятость в ведении секретарем протокола, так как собственно непрофессионализм не является основанием для отвода.