Здравствуйте, Андрей Александрович. Данная проблема является достаточно распространенной. В этой ситуации удовлетворение ходатайства ответчика о пропуске срока исковой давности (в соответствии со ст. 392 Трудового кодекса РФ) правомерно. Суды принимают во внимание разъяснения Конституционного Суда РФ, которые были сформулированы при рассмотрении схожих ситуаций (См., например, определения Конституционного Суда РФ от 21 мая 1999 года N 73-О, от 12 июля 2005 года N 312-О, от 15 ноября 2007 года N 728-О-О, от 21 февраля 2008 года N 73-О-О, от 5 марта 2009 г. N 295-О-О).
Существует так же возможность обращения в комиссию по трудовым спорам (в той организации, в которой Вы работали (ст.381 Трудового кодекса)). Но и здесь, в соответствии со ст. 386 Трудового кодекса «работник может обратиться в комиссию по трудовым спорам в трехмесячный срок со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права».