При ответе на вопрос будем учитывать, что – судя по вопросу – налогоплательщик остался правообладателем исключительных прав на созданную программу. Дело в том, что пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ в редакции, действующей с 01.01.2009, предусматривает, что физические лица, получившие доход от продажи имущественных прав, самостоятельно исчисляют суммы налога на доходы физических лиц, подлежащие уплате в соответствующий бюджет, а также обязаны представить в налоговый орган по месту своего учета налоговую декларацию по налогу на доходы физических лиц.
У нас же ситуация иная, поскольку автор не уступил исключительное право на созданную им программу по договору отчуждения, предполагающему переход прав на программу в полном объеме приобретателю такого права.
Согласно с пп. 3 п. 1 ст. 208, ст. 209 НК РФ доходы от использования авторских или смежных прав облагаются налогом на доходы физических лиц. Организация, от которой налогоплательщик получает вознаграждение, согласно п. 1 ст. 226 НК РФ, выступает в роли налогового агента, следовательно, именно она обязана исчислить, удержать и уплатить налог. На основании ст.224 НК РФ налоговая ставка в данном случае составляет 13%. Сумма налога должна быть удержана из дохода физического лица при его фактической выплате (п.4 ст.226 НК РФ). Налогоплательщик, получающий авторское вознаграждение, имеет право на профессиональный налоговый вычет в сумме фактически произведенных и документально подтвержденных расходов. Если эти расходы не могут быть подтверждены документально, они принимаются к вычету по нормативам затрат (в процентах к сумме начисленного дохода), установленным в ст. 221 НК РФ.