Выплата такой надбавки производится именно с даты вступления в силу решения о присуждении ученой степени. Обычная практика состоит в том, что диплом ВАК направляет диссертанту через ДиссСовет, в котором происходила защита, а потому между принятием Высшей аттестационной комиссией решения о выдаче диплома кандидата наук и его получением проходит несколько месяцев. Работодатель производит перерасчет и выплачивает надбавку за весь период с момента присуждения степени и предъявления документа работодателю. Поскольку в Вашем вопросе не указан орган, в котором Вы проходите Службу, невозможно назвать нормативный акт, который регулирует порядок выплаты надбавки и ее сумму. Такие вопросы регламентируются специальным актом в отношении отдельных органов (например, "О системе оплаты труда гражданского персонала Службы специальных объектов при Президенте Российской Федерации и подведомственных ей федеральных казенных учреждений"). Не во всех положениях имеются подробные положения о выплаты данной надбавки, но в целом практика не отклоняется от указанной.