Такие направления должны быть выданы Вам на особом бланке со штампом военкомата. Проведение обследования осуществляется исключительно за счет бюджета в государственных и муниципальных учреждениях здравоохранения. Вы вправе пройти, например, МРТ за свой счет (если у клиники нет соответствующего оборудования), но не обязаны.
Таким образом, Вам должны выдать направления для прохождения бесплатного обследования и / или лечения с указанием медицинского учреждения (пункт 19 Постановления Правительства РФ от 25.02.2003 N 123 (ред. от 28.07.2008) "Об утверждении Положения о военно-врачебной экспертизе").