Да, суд первой инстанции действительно вышел за пределы исковых требований. Между тем, АПК РФ не предусматривает такого права суда. Если Вы заявили иск о взыскании убытков в долях, то суд при вынесения решения должен был руководствоваться ч. 2 ст. 175 АПК РФ, согласно которой при принятии решения против нескольких ответчиков арбитражный суд указывает, в какой части (доле) каждый из ответчиков должен выполнить решение. Это норма была нарушена судом первой инстанции.